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Junta de Gobierno
 
La Junta de Gobierno es el órgano de mayor jerarquía del Instituto. Está integrada por representantes de diversas dependencias del gobierno federal, por directores de renombradas instituciones académicas y por académicos de prestigio. Los miembros que la integran son:


Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología
Secretaría de Educación Pública
Secretaría de Hacienda y Crédito Público
Secretaría de Contraloría y Desarrollo Administrativo
El Colegio de México
El Colegio de Michoacán
Instituto de Investigaciones Históricas de la UNAM
Instituto de Investigaciones Sociales de la UNAM
Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social
Dos investigadores invitados por méritos personales
Comité Externo de Evaluación

Como Centro Público de Investigación, el desempeño del Instituto es valorado por un Comité Externo de Evaluación integrado exclusivamente por académicos de reconocido prestigio. La opinión de este comité es factor central en la toma de decisiones de la Junta de Gobierno y del Director General.
Consejo Técnico Consultivo

  
El Consejo Técnico Consultivo, formado por investigadores y autoridades académicas del Instituto, es el órgano colegiado encargado de opinar sobre todos los asuntos académicos de la institución. Hace recomendaciones sobre el plan general de investigación, docencia, organización del trabajo académico y publicaciones. En él se discuten los planes e informes de trabajo de los profesores-investigadores y sus resultados, así como su ingreso y permanencia en el Instituto.
Comisión Dictaminadora

  
La Comisión Dictaminadora realiza las evaluaciones para la asignación de categorías y estímulos a los profesores-investigadores en función de su nivel académico, superación profesional, pertenencia al SNI, productividad científica, formación de recursos humanos y participación en proyectos colectivos de investigación con financiamiento externo. La comisión está integrada por cuatro académicos: dos designados por la Dirección General del Instituto y dos representantes de los profesores-investigadores.