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El programa del Doctorado contempla una especializa​ción en la Historia Moderna y Contemporánea (desde las postrimerías del periodo colonial hasta el siglo XX) en diversas áreas como son la historia social, económica, cultural y política, la historia oral o la historia urbana y regional. Ofrece la oportunidad de profundizar en la historia de México, Estados Unidos, el Caribe y América Latina. El programa está inscrito en el Programa Nacional de Posgrado de Calidad de CONACYT en la categoría de CONSOLIDADO, lo cual certifica su nivel de excelencia, a la vez que permite a los estudiantes contar con una beca de manutención, de manera que puedan dedicarse de tiempo completo a sus estudios.

El programa consta de ocho semestres y es semiescolarizado, ya que a partir del tercer semestre los alumnos se dedican exclusivamente a la elaboración de la tesis.